La Empresa Pública Metropolitana de Rastro, tiene su origen en el año de 1867 cuando en la ciudad de Quito se crea el primer matadero público, ubicado en las calles Benálcazar y Rocafuerte, edificio del ex mercado de Santa Clara de San Francisco, siendo esta la primera acción municipal destinada al control del sacrificio de animales y distribución de carne para el consumo humano.
En 1878 este macelo es trasladado a donde actualmente se encuentra el Coliseo Julio César Hidalgo y el Mercado Central; posteriormente en 1938 el entonces Concejal de Quito Don Galo Plaza Lasso efectua las acciones para habilitar el edificio ubicado en Chiriyacu (para aquella época zona periferica de la ciudad), donde funcionaba la entonces Dirección Municipal de Abastos que era encargada del control de la comercialización de productos de primera necesidad. En la Administración del Alcalde Alfonso Pérez Pallares, el 23 de junio de 1943, el Concejo Municipal aprueba la Ordenanza 563 que reglamentaba por primera vez el funcionamiento de la Casa de Rastro, en lo técnico, veterinario y sanitario, además se le asigna una estructura administrativa acorde a sus funciones dirigida por la Dirección Municipal de Abastos.
Para junio de 1949 en la Alcaldía de Doctor José Ricardo Chiriboga esta entidad a servicio público es traslada al sector de Chiriyacu, conocido como “El Camal”. En 1959, con la promulgación de la Ordenanza 903, la Casa de Rastro se convierte en la Empresa Municipal de Rastro. Para 1978, en la Administración Municipal del Arquitecto Sixto Durán Ballén, la Empresa implementa el sacrificio aéreo del ganado (sistema de rieles para faenamiento), logrando una mejora sustancial en el sistema de faenamiento que permite desde ese entonces mayor inocuidad alimentaria y previene la contaminación cruzada.
Durante 30 años la estructura organizacional de la empresa se mantiene invariable, hasta que en 1989 con la Ordenanza 2730 en la Alcaldía del señor Rodrigo Paz Delgado, le otorga a la Empresa de Rastro autonomía administrativa y financiera. Bajo la Administración Municipal del Gral. Paco Moncayo Gallegos, en 1996, la Empresa Municipal de Rastro – Quito, es trasladada a la ciudadela La Ecuatoriana, parroquia de Chillogallo, donde funciona hasta la actualidad, cumpliendo así 24 años en esta zona.
El 26 de julio de 2010, durante la Alcaldía del Dr. Augusto Barrera Guarderas, medidante Ordenanza 316, esta institución se convierte en Empresa Pública Metropolitana de Rastro Quito. En el año 2017, la Empresa Pública Metropolitana de Rastro - Quito logra obtener la Certificación de Matadero bajo Inspección Oficial - MABIO, la cual garantiza el proceso de faenamiento bajo estricto cumplimiento de Normas de Sanidad e Inocuidad. Y en el año 2020 la Empresa de Rastro alcanza la Licencia Ambiental.
